A Balaton vízszintjének szabályozása már a III. században elkezdődött, amikor Galerius római császár vízlevezető csatornát építtetett a mai Siófok területén. Ez az első, homokturzáson átvágott zsilip a népvándorlás korában elpusztult.

A tó természetes vízszintingadozása azonban továbbra is problémát jelentett, ezért a XIX. században korszerű szabályozási tervek születtek. Ezek célja volt többek között:

• a Balaton és a Duna összekötése hajóúton,

• a mocsaras területek lecsapolása mezőgazdasági célra,

• a balatonfüredi kikötő biztonságosabbá tétele,

• a Budapestet az Adriával összekötő vasútvonal védelme a víz- és jégkároktól.

Az új fazsilipet 1863. október 25-én adták át ünnepélyes keretek között. Ez jelentős fordulópont volt a Balaton és Siófok fejlődésében – lehetővé tette a tó partjának üdülőövezetté válását, valamint a vasúti közlekedés gyors fellendülését.

A zsilip korszerűsítése a 20. század közepén vált időszerűvé. A II. világháború ugyan félbeszakította a munkálatokat, de végül 1947. szeptember 22-én üzembe helyezték az új zsiliprendszert. A modern hajózsilip 83,5 méter hosszú, 12 méter széles, és 1200 tonnás hajók átbocsátására is alkalmas. A hozzá tartozó vízlépcső 2,5 méteres szintkülönbséget képes áthidalni a Balaton és a Sió között.

A siófoki zsilipet ma a Közép-dunántúli Környezetvédelmi és Vízügyi Igazgatóság Balatoni Vízügyi Kirendeltsége működteti, biztosítva a tó vízszintjének megfelelő szabályozását az év minden szakában.